试管婴儿常引起多个卵泡发育，较终导致多个胚胎，但在实际工作中，临床医生又不可能同时移植所有的胚胎，因此剩余的胚胎就有必要用冷冻技术进行储存。冷冻的保存温度都是在零下196度的液氮环境中，胚胎一旦被冷冻储存，则停止发育，可保存几年以上。
目前常用的冷冻技术分为两种：一种为程序化慢速冷冻;另一种为玻璃化快速冷冻。
无论是程序化慢速冷冻还是玻璃化快速冷冻，在冷冻过程中，胚胎学家都将加入若干种冷冻保护剂，目的是减少超低温度环境下对胚胎的损伤。
近几年随着玻璃化冷冻技术的发展与推广，胚胎的解冻存活率稳定在以上，甚至一些生殖中心可达到，因此程序化慢速冷冻将会逐渐被淘汰。
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然而毕竟是冷冻胚胎，胚胎经历了一次非同寻常的历程，这样的胚胎出生的后代与新鲜周期的胚胎出生的后代是否有区别?
少数患者由于担心胚胎存放在极低的温度下会影响子代的健康，常常会放弃剩余的胚胎。其实有此顾虑的患者也属正常现象，毕竟她们都希望拥有自己健康的孩子。较近有关学者对国内外冷冻胚胎出生的后代进行了调查，发现与正常出生的孩子比较，后代的畸形率、智力水平、健康状态没有统计学差异，因此患者可以相信目前采用的冷冻技术，将剩余的胚胎交给胚胎学家，由他们将胚胎进行冷冻保存。
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