胚胎选择较常用的方法为形态学评估，但依据形态学筛选后适合移植的胚胎不超过总数的。另一种胚胎选择的方法为移植前的基因筛选(PGD)。经典的PGD是取第3天胚胎中的一个细胞荧光原位杂交(FISH)进行染色体非整倍体分析，选择染色体为整倍体的胚胎进行移植。形态学评估一、胚胎的生长速度胚胎的发育是精子和卵子在受精后的16-20个小时，卵子出现雌雄两个原核，24-26小时候分裂成二细胞，44-48小时为四细胞，64-72小时则为6-8细胞，105-110个小时后就会变成囊胚。现在泰国进行的试管婴儿的治疗，一般都在取卵后的2-3天左右进行，这时的胚胎应该是2-6细胞或者4-8细胞的，如果胚胎没有达到这个数目或者生长的过快，就是移植胚胎额种植率也会很低的。二、胚胎中卵裂球的形态卵裂球的形态就是胚胎中每个细胞的大小是否一致，形状是否相似，是否相互对称。首先选择的就应该是大小一致、形状对称的胚胎，这些也是人们常说的优质胚胎。同样的也有人认为，可以通过观察受精后16-20小时卵子出现的雌雄两个原核的形态来判断是否是优质胚胎。三、胚胎中的碎片多少许多的试管婴儿中心，把碎片体积少于总体积5的胚胎认为是较好的，25以下都为可以用的，以上的都是不能进行移植的。国外有的生殖中心会通过显微操作的方式把胚胎中的碎片抽取出来，然后再进行胚胎的移植，认为这样可以提高胚胎的种植率。但是现在为止比较一致的看法还是尽量选择随便小而少的胚胎，这样的胚胎有利于移植后的成活。植入正常的胚胎会增加胚胎的着床率，对要求的会植入两个以上的胚胎也是很有助于成功的。所以选择以及胚胎，对试管婴儿的成功是很重要的。
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